Door zijn deelname aan de Nederlandse Opstand raakte Willem in 1568 in ongenade en als gevolg daarvan werd hij voor de Bloedraad gedaagd. Liever vluchtte hij echter naar zijn Duitse bezittingen, achteraf de beste beslissing gezien de latere terechtstelling van andere rebelse edelen als Van Egmont en Hoorne. Op datzelfde moment studeerde Filips Willem echter aan de universiteit van Leuven. Van die situatie maakte de Spaanse koning gebruik door de Hertog van Alva opdracht te geven hem naar Spanje over te laten brengen.
De ontvoering was een idee van de kardinaal-aartsbisschop van Mechelen, Antoine Perrenot de Granvelle (1517-1586), adviseur van Filips II. Hij zou het ook zijn die advies gaf om Willem van Oranje vogelvrij te laten verklaren, wat de eerste aanzet zou zijn tot diens dood in 1584. Filips Willem zou door zijn ontvoering bijna dertig jaar gedwongen in Spanje verblijven en zijn vader dus nooit meer terug zien.
Gedurende zijn gedwongen verblijf in Spanje behield Filips Willem aanvankelijk een relatieve vrijheid: hij mocht o.a. zijn studie voltooien, wat dan ook gebeurde aan de universiteit van het vlakbij Madrid gelegen Alcalá de Henares. Wel werd er van hem verwacht dat hij het katholieke geloof zou blijven belijden. Toen er in 1578 een geheime correspondentie werd ontdekt met zijn vader werd hij als represaille overgebracht naar het kasteel van Arévalo.
Omdat deze al die jaren naar Spaanse normen opgevoed en vroom katholiek gebleven was zag Filips II liefst zijn gijzelaar als soeverein van het invloedrijke prinsdom van Oranje dan diens protestantse halfbroers. Toch zou het pas tot 1595 duren voordat Filips Willem Spanje eindelijk mocht verlaten. Hij vertrok met kardinaal-aartsbisschop Albrecht van Oostenrijk naar Genua en later naar Rome, om daar een bezoek te brengen aan de paus. Daarna werd hij door Albrecht, intussen tot landvoogd van de Zuidelijke Nederlanden benoemd, naar Brussel begeleid, met zijn uiteindelijke vrijlating tot gevolg.
Nog altijd kon Filips Willem echter zijn bezittingen in de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden niet opeisen. De Staten-Generaal vreesden Spaanse sympathieën bij de telg van Oranje en gaven aan hem bij de grens tegen te zullen houden. Zo moest Filips Willem vanuit de Zuidelijke Nederlanden met Maurits en Frederik Hendrik voor zijn rechten op de erfenis van zijn vader blijven strijden. Pas in 1609, bij het tekenen van het Twaalfjarig Bestand, zou hij weer toegang krijgen tot de Republiek.
Huwelijk
Erg lang zou hij echter niet kunnen genieten van zijn bezittingen. In 1618 overleed Filips Willem in Brussel na een verkeerde klysmabehandeling. Hij werd 63 jaar oud. Omdat zijn huwelijk kinderloos was gebleven had hij testamentair laten bepalen dat zijn bezittingen zouden overgaan naar zijn halfbroer Maurits.
De beloning, die koning Filips II op het hoofd van Willem van Oranje had gezet zou volgens een edict moeten worden voldaan uit het nalatenschap van de vermoorde prins. Albrecht van Oostenrijk heeft Filips Willem daarom enkele malen ertoe willen bewegen daaraan te voldoen, wat deze steeds heeft geweigerd. Zeker is in elk geval dat de nabestaanden van de moordenaar de beloning nooit hebben kunnen innen.
Afbeeldingen: (van boven naar beneden) Filips Willem (door Michiel Jansz van Mierevelt); Antoine Perrenot de Granvelle (door >>Anthonis Mor van Dashorst); Filips II, in 1565 (door Sofonisba Anguissola); Eleonora van Bourbon-Condé (door Pieter de Jode II); het graf van Filips Willem te Diest (België)
